- 首先,老师给出了如何仿真纳米Cu通道中水的流动,我们先修改生成数据的文件
- 运行刚刚写好的文件。然后写入in.eq.lmp文件,这个是做平衡态,让刚刚作出的模型弛豫一会儿,变成符合物理学结果的模型。其中需要引用刚刚写入的"data.lmp" 文件,在这个文件中,我们引用分子结构,再引入五种原子之间存在的力势。
- 运行刚刚写好的文件。这之后进行流体的运动,写入in.flow.lmp文件。对所有原子施加外力,使得它们的加速度一致:
- 运行刚刚写好的文件,主要出来velden.txt,然后引入到code1.4 add Na Cl.py中
- 运行刚刚写好的python文件,我们可以得到msd计算结果:
- Ovito仿真结果:(因为电脑计算能力,需要运行超过一天,所以借用了杨士淇的all.lammpstrj)